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La systématique des vertébrés classe ces animaux au sein de l'embranchement des Cordés, caractérisés par une colonne vertébrale (qui remplace la notochorde de l'embryon), un crâne et un endosquelette. Ils se subdivisent en plusieurs classes : les Agnathes, les Poissons (Chondrichthyens et Ostéichthyens), les Amphibiens, les Reptiles, les Oiseaux et les Mammifères. La classification repose sur des critères comme la structure du squelette, la nature des membres (nageoires ou membres pentadactyles), le développement des membranes fœtales et la structure de la mandibule.